09·Guide · 10 min · Mis à jour avril 2026

Différence entre SII et SIBO.

Le SII et le SIBO ne sont pas la même chose, bien qu'ils soient profondément liés : on estime que jusqu'à 60-80 % des patients atteints de SII peuvent avoir un SIBO comme cause sous-jacente. Comprendre la différence est essentiel pour recevoir le bon traitement.

01 · SIIQu'est-ce que le SII ?

Le syndrome de l'intestin irritable (SII), connu internationalement sous le nom d'IBS (Irritable Bowel Syndrome), est un trouble fonctionnel digestif. Cela signifie qu'il y a des symptômes réels et significatifs, mais les examens conventionnels (coloscopie, analyses, échographie) ne montrent pas d'anomalies structurelles ni biochimiques évidentes.

Il affecte environ 10-15 % de la population mondiale et est plus fréquent chez les femmes. Il est classé en sous-types selon le profil prédominant des selles :

  • SII-D : prédominance de diarrhée.
  • SII-C : prédominance de constipation.
  • SII-M : mixte (alterne entre diarrhée et constipation).
  • SII-U : non classé.

Le diagnostic repose sur les critères de Rome IV, qui exigent une douleur abdominale récurrente au moins 1 jour par semaine au cours des 3 derniers mois, associée à deux ou plus des éléments suivants : relation avec la défécation, changement de la fréquence des selles, changement de la forme ou de l'apparence des selles. Le SII est considéré comme un diagnostic d'exclusion : on y arrive après avoir écarté d'autres causes organiques.

02 · SIBOQu'est-ce que le SIBO ?

Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) est un diagnostic spécifique : il y a une prolifération mesurable de bactéries dans l'intestin grêle, où normalement la population bactérienne devrait être faible.

Contrairement au SII, le SIBO a une cause identifiable — l'excès de bactéries — et peut être mesuré objectivement par un test respiratoire ou, dans certains cas, par aspiration et culture du contenu de l'intestin grêle.

Il existe trois types principaux :

  • SIBO-hydrogène : les bactéries produisent de l'hydrogène en excès. Associé principalement à la diarrhée.
  • IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth) : les archées méthanogènes produisent du méthane. Associé à la constipation.
  • SIBO par sulfure d'hydrogène : un troisième type moins connu, produit par des bactéries sulfato-réductrices. Associé à la diarrhée et des symptômes d'odeur d'"œufs pourris".

03 · CommunsSymptômes en commun.

C'est la raison principale de la confusion : le SII et le SIBO partagent une liste impressionnante de symptômes :

  • Ballonnements et distension abdominale.
  • Gaz excessifs.
  • Douleur abdominale et crampes.
  • Diarrhée, constipation ou les deux.
  • Sensation de satiété précoce.
  • Urgence pour aller aux toilettes.
  • Malaise général après les repas.
  • Fatigue.

En consultation, un patient avec un SIBO et un autre avec un SII "pur" peuvent présenter des plaintes pratiquement identiques. C'est pourquoi il est crucial d'aller au-delà des symptômes.

04 · DifférencesSymptômes qui les différencient.

Bien qu'il y ait beaucoup de chevauchement, certains profils peuvent orienter vers l'un ou l'autre :

CaractéristiquePlus suggestif du SIIPlus suggestif du SIBO
BallonnementsVariables, souvent liés au stressProgressifs au cours de la journée, très marqués après les repas
Début des symptômesAprès un stress, un voyage ou une gastro-entériteAprès usage prolongé d'IPP, chirurgie abdominale, ou post-gastro-entérite
ÉructationsOccasionnellesFréquentes et prominentes
Perte de poidsPeu habituellePossible (par malabsorption)
Carences nutritionnellesRaresFréquentes (fer, B12, vitamines liposolubles)
Réponse aux antibiotiquesAmélioration partielle et temporaire avec rifaximineAmélioration significative (bien que puisse récidiver)
Réponse aux probiotiquesVariablePeut aggraver initialement
Brouillard mentalPossiblePlus fréquent et marqué
DouleurPeut s'améliorer ou empirer avec la défécationPlus liée à l'ingestion de nourriture
Stéatorrhée (selles grasses)RarePossible en cas de malabsorption

05 · Diagnostic SIIComment diagnostique-t-on le SII.

Le SII est diagnostiqué par :

  • Anamnèse détaillée : évaluation des critères de Rome IV.
  • Exclusion d'autres pathologies : analyses sanguines (hémogramme, CRP, VS, anticorps de la maladie cœliaque, calprotectine fécale), coloscopie chez les plus de 50 ans ou en cas de signes d'alarme, fonction thyroïdienne, et dans certains cas test d'intolérance au lactose et tests de maladie inflammatoire intestinale.
  • Critères positifs : ce n'est pas seulement "on ne trouve rien", mais les symptômes correspondent au profil de Rome IV.

Problème fréquent : de nombreux patients reçoivent le diagnostic de SII sans qu'on leur ait jamais fait de test de SIBO, ce qui peut mener à des années de traitement symptomatique sans résoudre la cause sous-jacente.

06 · Diagnostic SIBOComment diagnostique-t-on le SIBO.

Test respiratoire (breath test)

C'est l'examen le plus utilisé et accessible :

  • Préparation : régime restrictif 24 heures avant + jeûne de 12 heures.
  • Procédure : on boit une solution de lactulose ou de glucose. Des échantillons d'haleine sont recueillis toutes les 15-20 minutes pendant 2-3 heures.
  • Interprétation : augmentation d'hydrogène ≥ 20 ppm au-dessus du niveau de base dans les 90 premières minutes : SIBO-hydrogène positif. Méthane ≥ 10 ppm à tout moment : IMO positif.

Limites

  • Taux de faux négatifs considérable (surtout avec le glucose, qui n'évalue que l'intestin grêle proximal).
  • Le test au lactulose peut donner des faux positifs si le lactulose atteint le côlon plus tôt que prévu.
  • Ne détecte pas bien le SIBO par sulfure d'hydrogène (nécessite le dispositif trio-smart, encore peu disponible en Europe).

07 · ConnexionLa connexion SII-SIBO.

La relation entre SII et SIBO est étroite et bidirectionnelle :

  • SIBO comme cause du SII : des études suggèrent que 60-84 % des patients atteints de SII ont un test de SIBO positif.
  • Gastro-entérite infectieuse puis SII post-infectieux puis SIBO : une gastro-entérite (intoxication alimentaire) peut endommager les cellules interstitielles de Cajal et les neurones du plexus entérique par un mécanisme auto-immun (anticorps anti-vinculine et anti-CdtB), altérant le CMM de façon permanente. Cela prédispose au SIBO, qui se manifeste comme un SII.
  • Modèle de Pimentel : le Dr Mark Pimentel (Cedars-Sinai, Los Angeles) a proposé que de nombreux cas de SII sont, en réalité, des SIBO non diagnostiqués, et que la gastro-entérite est le déclencheur le plus fréquent.

Et si j'ai un SII et mon test de SIBO est négatif ?

Plusieurs possibilités :

  • Le test peut être un faux négatif.
  • Il peut y avoir un SIBO par sulfure d'hydrogène non détecté.
  • Il peut s'agir d'un SII sans SIBO, médié par d'autres mécanismes (sensibilité viscérale, dysbiose colique, axe intestin-cerveau, etc.).
  • Il pourrait y avoir d'autres causes : SIFO (prolifération fongique), intolérance à l'histamine, insuffisance pancréatique exocrine, etc.

08 · TraitementTraitement du SII vs traitement du SIBO.

AspectTraitement SIITraitement SIBO
RégimeLow FODMAP (très efficace)Low FODMAP + possible régime élémentaire ou Bi-Phasic
Médication principaleAntispasmodiques, laxatifs/antidiarrhéiques, antidépresseurs tricycliques à faible doseRifaximine ± néomycine/métronidazole, ou antimicrobiens à base de plantes
SupplémentsProbiotiques, fibres solubles, huile de mentheAntimicrobiens à base de plantes, procinétiques, enzymes digestives
ProcinétiquesPas toujours nécessairesFondamentaux pour prévenir les rechutes
Approche psychologiqueThérapie cognitivo-comportementale, hypnothérapie dirigée vers l'intestinUtile en complément
ObjectifContrôler les symptômesÉradiquer la prolifération + prévenir la récidive
Durée du traitementÀ long terme, gestion chroniqueCycles de traitement + entretien

Point clé : le traitement du SII tend à être symptomatique et à long terme, tandis que celui du SIBO vise à résoudre une cause identifiable et à prévenir qu'elle revienne.

09 · CoexistencePeut-on avoir les deux ?

Oui, et c'est même le cas le plus fréquent. De nombreux patients ont :

  • Le SIBO comme cause principale : en le traitant, les symptômes du SII s'améliorent ou disparaissent.
  • Un SII avec SIBO superposé : le SIBO aggrave un SII de base. Traiter le SIBO améliore significativement les symptômes, mais un certain degré de sensibilité viscérale ou de dysrégulation de l'axe intestin-cerveau peut persister.
  • Un SII sans SIBO : les symptômes sont réels mais il n'y a pas de prolifération bactérienne. L'approche est diététique, pharmacologique et psychologique.

La bonne nouvelle est que, quel que soit le diagnostic exact, les stratégies diététiques comme le régime Low FODMAP fonctionnent bien dans les deux scénarios.

10 · QuestionsQuestions à poser à votre médecin.

Si vous soupçonnez que vous pourriez avoir un SIBO en plus de (ou à la place de) votre SII, ces questions peuvent guider la conversation avec votre professionnel de santé :

  • "Pouvons-nous écarter un SIBO avec un test respiratoire ?"
  • "Mes symptômes pourraient-ils s'expliquer par une prolifération bactérienne ?"
  • "A-t-on évalué la possibilité de carences nutritionnelles (fer, B12, vitamine D) ?"
  • "Serait-il pertinent d'essayer un traitement par rifaximine ou antimicrobiens à base de plantes ?"
  • "Devrais-je consulter un diététicien-nutritionniste spécialisé en FODMAP ?"
  • "Y a-t-il une cause sous-jacente à investiguer (motilité, hypothyroïdie, adhérences) ?"
  • "Devrait-on mesurer les anticorps anti-vinculine et anti-CdtB ?" (test IBS Smart, disponible dans certains centres)

11 · ConclusionConclusion.

SII et SIBO ne sont pas synonymes, mais ils sont si étroitement liés que l'un ne peut se comprendre pleinement sans l'autre. Si vous vivez depuis des années avec un diagnostic de SII et des traitements qui ne soulagent que partiellement vos symptômes, demander un test de SIBO pourrait être le pas qui change votre situation. Et si on vous a déjà diagnostiqué un SIBO, comprendre que la motilité, le régime et la prévention des rechutes sont aussi importants que le traitement antimicrobien vous donnera un avantage énorme.

Avis : Ce guide est informatif et ne remplace pas l'évaluation d'un professionnel de santé. Si vous soupçonnez un SIBO, consultez votre médecin pour réaliser les tests diagnostiques adéquats.

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